El 2 de diciembre de 1998, la Unesco declaró a la Universidad de Alcalá y al recinto histórico de la ciudad de Alcalá de Henares como Patrimonio Mundial, lo que supuso un reconocimiento al esfuerzo y trabajo conjunto de la Universidad, la Sociedad de Condueños y diferentes instituciones y entidades ciudadanas y culturales.

Es la única universidad en España que cuenta con esta declaración y, de los 30.000 centros universitarios que hay en el mundo, solo otras cuatro ostentan esta distinción en todo el mundo: la Universidad de Virginia (Estados Unidos) (1987), la Universidad Central de Venezuela (2000), la Universidad Nacional Autónoma de México (2007) y la Universidad de Coímbra (Portugal) (2013).

Entonces, la Unesco reconoció a la Universidad de Alcalá por ser la primera ciudad universitaria planificada en la Edad Moderna, su condición como Ciudad de Dios y del Saber y su repercusión cultural, siendo una de las grandes ciudades en el Siglo de Oro, cuna de Miguel de Cervantes. Además, la Universidad de Alcalá ha sido y es una universidad difusora del conocimiento y de la lengua y modelo en la planificación y estatutos de distintas universidades de Latinoamérica y Europa.